主管藥師考試考《基礎知識》、《專業知識》、《相關專業知識》和《專業實踐能力》四門。主管藥師考試屬于全國衛生專業技術資格考試的一個專業，根據衛生專業技術資格考試辦法，主管藥師考試實行全國統一組織、統一考試時間、統一考試大綱、統一考試命題、統一合格標準的考試制度，原則上每年進行一次。
主管藥師考試試題均為客觀題，采用計算機統一評分，不接受成績復核申請。四個科目考試題型相同，均由A1型題（單句型最佳選擇題）、A2型題（病例摘要型最佳選擇題）、A3型題（病例組型最佳選擇題）、A4型題（病例串型最佳選擇題）和B1型題（標準配伍題）組成。
主管藥師考試成績實行兩年為一個周期的滾動管理辦法，在連續兩個考試年度內通過主管藥師4個科目的考試，可取得主管藥師專業資格證書。
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